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lncRNA测序及分析

IncRNA (Long non-coding RNA)是一类编码能力弱,且长度超过200nt的长链RNA,通常其在生物体中表达丰度较低。IncRNA可通过cis/trans作用方式直接调控靶基因转录,也可作为分子海绵吸附miRNA,抑制其与mRNA的结合,从而达到调控转录作用。
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产品简介
IncRNA (Long non-coding RNA)是一类编码能力弱,且长度超过200nt的长链RNA,通常其在生物体中表达丰度较低。lncRNA测序是通过高通量测序技术及生物信息学方法在整体水平上解释样品中lncRNA及mRNA全面信息的研究方法。IncRNA可通过cis/trans作用方式直接调控靶基因转录,也可作为分子海绵吸附miRNA,抑制其与mRNA的结合,从而达到调控转录。目前IncRNA在调控mRNA、参与动植物生物学过程与信号通路等方面,都发挥重要作用。
产品优势
优势1
一份样本,两份结果
既提供IncRNA分析结果,同时分析mRNA表达和结构变化,全面揭示样本转录调控机制
优势2
IncRNA鉴定更准确
既提供数据库鉴定已知IncRNA,同时基于多项参数和软件筛选预测新IncRNA
优势3
IncRNA靶基因预测更全面
既提供cis/trans两种调控方式的靶基因预测,同时灵活调整筛选范围,全面揭示基因调控作用
优势4
ceRNA调控网络
miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA, ceRNA-ceRNA关系,展示 miRNA -mRNA-lncRNA 竞争性结合调控网络, 全面揭示转录调控信息
技术流程
测序流程
分析流程
应用领域
样本要求
案例分析
内皮细胞中非编码RNASTEEL促进血管生成
  • 英文题目:Angiogenic patterning by STEEL, an endothelial-enriched long noncoding RNA
    研究方向:过敏性气道炎
    期刊: PNAS
    IF:10.74
    DOI: 10.1073/pnas.1715182115
    发表时间:2018.03
    项目:lncRNA测序
研究背景
内皮细胞(EC)富集蛋白编码基因,定义了典型的EC特异性生理功能。目前还不清楚lncRNA是否也定义心血管细胞类型特异性表型,特别是在血管内皮中。本研究确定了EC中富集的lncRNA在ECs对体位和血流动力学的表型适应中的作用,并阐明了lncRNA在EC转录调控中的新作用。力学的表型适应中的作用,并阐明了lncRNA在EC转录调控中的新作用。
实验设计
主要结论
作者对6种人体细胞进行lncRNA测序,结果表明,18524个lncRNAs和18701个蛋白质编码基因在至少一种细 胞类型中的表达高于20%,HUVEC和HMVEC共同富集的lncRNA有29个,并且28和59个分别在HUVEC、HMVEC 中单独富集。lncRNA在多种生物学过程中起到基因调节作用,包括干细胞功能和干细胞分化。研究确定了富含 lncRNA的ECs,并进一步描述了剪接转录物ECs丰富的lncRNA(STEEL)。STEEL通过体内EC促进完整血管的形 成。此外,STEEL可调节eNOS和KLF2的表达,从而影响内皮血管的形成。
参考文献
Man HSJ, Sukumar AN, Lam GC, et al Angiogenic patterning by STEEL, an endothelial-enriched long noncoding RNA[J]. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018;115(10):2401-2406.
转录组分析揭示了与大麦中镉胁迫耐受性相关的lncRNA介导的调控网络
  • 英文题目:Transcriptome profiling uncovers the lncRNA-mediated regulatory networks associated with tolerance to cadmium stress in barley
    研究方向:植物Cd胁迫
    期刊:Environmental and Experimental Botany
    IF:5.7
    DOI:10.1016/j.envexpbot.2022.105156
    发表时间:2023.2
    项目:lncRNA测序
研究背景
镉(Cd)是农业土壤中最广泛的重金属污染物之一。在响应非生物胁迫方面,长非编码RNA(lncRNA)可以通过参与基因调控从而调控植物的抗逆能力。然而,在植物(尤其是大麦)Cd胁迫效应中,lncRNA的调节机制在很大程度上是未知的。因此研究lncRNA的遗传功能并确定大麦基因组中的lncRNA靶标位点具有重要意义。
实验设计
主要结论
本文比较了两种大麦基因型W6nk2(Cd敏感)和ZN8(Cd耐受)根部的lncRNA转录组对Cd胁迫的响应,并鉴定了8个Cd耐受性相关的lncRNA及其靶基因。基于全转录组结果,进一步识别了lncRNA-miRNAs-靶点相互作用网络中的关键基因HvGAMYB。以往研究表明HvGAMYB在调节Cd胁迫耐受性方面具有积极作用,揭示了该基因的潜在相互作用机制,例如Cd摄取和易位,光合作用和抗氧化防御的生物学过程。本研究结果为阐明lncRNA的调控作用及其增强大麦Cd耐受性的靶标提供了新的见解。
参考文献
Zhou, XY., Wang, NH., Qiu, CW, et al. Transcriptome profiling uncovers the lncRNA-mediated regulatory networks associated with tolerance to cadmium stress in barley. Environmental and Experimental Botany J. 2023;206, 105156. Published 2023 Feb 12.
常见问题
lncRNA可进行生物学重复分析吗?
有必要进行,生物学重复设置可以进行样本相关性分析,计算组间差异等。涉及不同RNA间的关联分析和ceRNA分析,样本数目最好满足在6个以上。
lncRNA功能研究中有什么高通量的筛选手段可以初步筛选有功能的lncRNA?
高通量初步筛选功能lncRNA的方法主要可以概括为以下几点:lncRNA的位点保守性、与lncRNA共表达的mRNA、与lncRNA互作的蛋白、lncRNA与其他RNA(ceRNA)调控关系。
植物中lncRNA如何具体研究?
目前,植物中lncRNA的研究主要可以概括三个方向:①具体lncRNA的机制研究,相对较难;②从lncRNA的序列入手,分析其起源变化和变异特征;③不同发育时期或者逆境相关lncRNA的鉴定以及特点。
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