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产品简介

真核无参转录组是指对没有参考基因组的物种进行研究，通过RNA-seq技术获得特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的mRNA的总和，随后对下机的原始数据进行拼接组装，将获得的转录本作为参考序列，对基因的表达量进行统计，并进行差异分析和功能富集分析。既能获得该物种绝大部分基因信息又能从整体水平研究基因表达差异及功能通路变化，揭示特定生物学过程的分子机制。

产品优势

优势1: 实验经验丰富; 样本起始量要求低，疑难样本类型也能轻松搞定

优势2: 组装灵活准确; 支持多款组装软件，多种组装方式

优势3: 数据挖掘便捷; 云交付，多模块循环分析

优势4: 提供深度服务; 从方案设计至文章发表，全程跟踪，实时解答疑问

技术流程

测序流程

分析流程

应用领域

样本要求

案例分析

合作案例nZVI诱导的铁中毒加重了TCEP对土壤中蚯蚓的毒性

英文题目：nZVI-induced iron poisoning aggravated the toxicity of TCEP to earthworm in soil
研究方向：土壤污染物修复
期刊：Environmental Pollution
IF：8.9
作者单位：中国海洋大学食品科学与工程学院
DOI：10.1016/j.envpol.2022.120785
发表时间：2023. 01
项目：真核无参转录组测序

研究背景

磷酸三酯（TCEP）是一种新开发的有机磷阻燃剂，越来越多地在被检测为土壤污染物。使用纳米颗粒进行修复土壤污染物是控制TCEP污染的潜在解决方案，然而，其有效性和生态风险知之甚少。

技术路线

主要结论

本文研究了纳米零价铁（nZVI）和TCEP在不同环境相关浓度下物理化学相互作用，对土壤中蚯蚓表现出联合毒性。从分子机制上，转录组研究表明，nZVI和TCEP可以通过不同途径协同抑制能量吸收。

参考文献

Yang M, Wu X, He C, Zhang J, Hou J, Lin D. nZVI-induced iron poisoning aggravated the toxicity of TCEP to earthworm in soil. Environ Pollut. 2023;317:120785.

常见问题

无参转录组和有参转录组有什么区别？: 无参转录组分析时参考转录组是根据质控后序列组装出参考序列，有参转录组可以比对现有的序列。无参转录组采用混合拼接得到参考序列，再将各个样本的reads分别与ref进行比对获得各个样本的基因表达量，更关注样本之间基因表达量的差异。
为什么要用校正后的p值，能直接用pvalue吗？: 校正后的p值（padj/qvalue），是对p值进行了多重假设检验，校正后的p值比原有的p值更大，能更好地控制假阳性率。如果数据存在差异基因较少的情况下，可以适当调整相关参数。
如何评判测序质量好坏？: 主要关注两个指标Q20及Q30；Q20（%）、Q30（%）分别指测序质量在99%和99.9%以上的碱基占总碱基的百分比，一般Q20在85%以上，Q30在80%以上视为测序质量较好。