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产品简介Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生，在基因表达调控、动植物个体发育、疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA测序正是对这一类重要的调控小RNA—特别是microRNA（miRNA）展开分析，利用高通量测序平台，对样本中富集到的18-32 nt的小RNA片段进行测序，对获得的有效数据进行序列长度分布统计，将筛选后的高质量序列分类注释，获得样品中包含的各组分及表达量信息，实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能注释等多项分析。
产品优势- 优势1
- miRNA鉴定更全面
- 既提供主流数据库中已知miRNA，同时基于2种优化方法，全面预测新miRNA
- 优势2
- 靶基因预测更准确
- 同时提供3种靶基因预测结果，灵活取交集或者并集，预测结果更准确丰富
- 优势3
- (TF)- miRNA-mRNA 关联分析
- 转录因子（TF）-miRNA互作关系，miRNA-mRNA靶向关系，揭示miRNA上下游调控机制
- 优势4
- 疾病相关miRNA分析（人）
- 研究转录因子（TF）-miRNA互作关系，miRNA-mRNA靶向关系，揭示miRNA上下游调控机制
- 优势5
- 物种适应度广
- 目标物种有无参考基因组，都能进行分析，无参可选择近缘物种
技术流程测序流程
医学分析流程
农学分析流程
应用领域
样本要求
案例分析气道过敏反应可导致肺组织中造血细胞的胞外RNA和囊泡的增加
- 英文题目：Increased Hematopoietic Extracellular RNAs and Vesicles in the Lung during Allergic Airway Responses 研究方向： 过敏性气道炎 期刊： Cell Reports IF： 8.8 DOI： 10.1016/j.celrep.2019.01.002 发表时间： 2019.01 项目： Small RNA测序
研究背景
内皮细胞（EC）富集蛋白编码基因，定义了典型的EC特异性生理功能。目前还不清楚lncRNA是否也定义心血管细胞类型特异性表型，特别是在血管内皮中。本研究确定了EC中富集的lncRNA在ECs对体位和血流动力学的表型适应中的作用，并阐明了lncRNA在EC转录调控中的新作用。力学的表型适应中的作用，并阐明了lncRNA在EC转录调控中的新作用
技术路线
主要结论
根据 Small RNA-seq测序结果，对每种样本类型中表达前 50的 miRNA进行了聚类，找到了一系列关键 miRNA，包括：miRNAmiR-21a-5p，miRNA Mirc11家族的所有 3个成员（miR-23a，miR-27a和 miR-24-3p）， miR-22-3p和 miR-29a-3p。血清中表达最丰富的是 miR-451a和 miR-16-5p。不同类型的样本进行表达量差异分 析后，发现患有过敏性气道炎症的小鼠的 BALF中共有 12个 miRNA上调。
参考文献
Pua HH, Happ HC, Gray CJ, et al Increased Hematopoietic Extracellular RNAs and V esicles in the Lung during Allergic Airway Responses[J]. Cell Rep. 2019;26(4):933-944.e4.
整合的mRNA和miRNA转录组分析揭示了脉红螺对变质诱导物（幼年牡蛎）的反应
- 英文题目：Integrated mRNA and miRNA transcriptomic analysis reveals the response of Rapana venosa to the metamorphic inducer (juvenile oysters) 研究方向：海洋无脊椎双壳类动物变态发育 期刊：Computational and Structural Biotechnology Journal IF：6.0 DOI：10.1016/j.csbj.2022.12.047 发表时间： 2022.12 项目：Small RNA测序
研究背景
变态发育是大多数海洋无脊椎动物，尤其是以双壳类动物为食的食肉腹足类动物的种群动态变化的关键事件。食肉腹足类的种群动态变化不仅影响生态平衡的维持，而且影响双壳类动物资源的保护，因此值得重视研究。
技术路线
主要结论
本文通过对miRNA和mRNA谱的综合分析，研究了幼年牡蛎对肉食性腹足类脉红螺变态发育的诱导机制。差异表达分析表明幼体牡蛎的诱导可以显着改变miRNA和mRNA谱，而处理时间的影响则很小。功能分析表明AMPK信号通路可能是脉红螺对牡蛎幼体响应的关键调节途径。此外，在幼年牡蛎诱导过程中，调节细胞凋亡的NF-kB和JAK-STAT信号通路也被激活，这可能脉红螺在变态发育中膜退化的原因。SARP-19前体基因和cibby同系物基因表达的显着变化可能表明这些信号通路也能在诱导进程中调节脉红螺的生长和发育。
参考文献
Yang MJ, Song H, Shi P, et al. Integrated mRNA and miRNA transcriptomic analysis reveals the response of Rapana venosa to the metamorphic inducer (juvenile oysters). Comput Struct Biotechnol J. 2022;21:702-715. Published 2022 Dec 30.
常见问题
- 差异miRNA数量太少，通过更换参考基因组重新分析是否有改善？
- 差异分析跟每个样本的miRNA表达量有关系，做miRNA定量时不是比对到参考基因组进行定量，而是通过比对到miRBases数据库进行分析，因此更换参考基因组并不会影响到定量的结果，也就无法直接影响差异表达的结果，同时若reads和最初确定的参考序列比对率很高，项目本身也不适合更换参考基因组。
- miRNA的内参如何选择？
- 常用的miRNA荧光定量内参是U6非编码小核RNA。人、大鼠及小鼠的U6序列同源性很高，因此，常规的U6引物是一致的。对于血液，常用的内参有miR-16和β-actin。如果您的样本没有找到稳定的内参，则需要使用外参，对与人和鼠，常见的外参有秀丽线虫cel-miR-39-3p : UCACCGGGUGUAAAUCAGCUUG，合成这段RNA即可作为外参使用。
- 如何确定目标物种的近源物种是否在miRBase收录？
- 登录NCBI-taxonomy（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy）查找目标物种所属分类，在miRBase物种列表的分类一列进行查找。
