全转录组的研究不再局限于mRNA，同时涵盖了种类丰富，数量庞大的调控型非编码RNA分子（包括miRNA，lncRNA和circRNA等）。

无参转录组是指可对没有参考基因组的物种进行研究，既能获得该物种绝大部分基因信息又能从整体水平研究基因表达差异及功能通路变化，揭示特定生物学过程的分子机制。

mRNA是指具备编码能力的RNA，可以通过后续翻译形成蛋白来行使具体功能，从整体水平研究基因 差异表达及功能通路变化，揭示特定生物学过程中的分子机制。目前在医学方面已经广泛应用于肿瘤免 疫、呼吸系统、消化系统、内分泌系统等多种疾病的诊断、干预和预后等研究。

Small RNA利用高通量测序平台，对样本中富集到的18-32 nt的小RNA片段进行测序分析，实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能注释等多项分析，满足客户对包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求。

IncRNA （Long non-coding RNA）是一类编码能力弱，且长度超过200nt的长链RNA,通常其在生物体中表达丰度较低。IncRNA可通过cis/trans作用方式直接调控靶基因转录，也可作为分子海绵吸附miRNA,抑制其与mRNA的结合，从而达到调控 转录。目前IncRNA在调控mRNA、参与动植物生物学过程与信号通路等方面，都发挥重要作用。

circRNA （circular RNA）是5,端和3,端共价结合形成闭合环状的非编码RNA,其广泛存在于动植物中

物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，互作转录组，无需分离两物种,只构建一个转录组文库便可得到两 个物种的信息

全长转录组不同于常规转录组，其基于PacBio或Nanopore三代测序平台，无需打断拼接，可以直接获取包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息