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单细胞全转录组

单细胞全转录组,是利用随机引物获得RNA序列,不再依赖于mRNA 3'端poly(A)的捕获,可以实现全长转录组测序,并能应用于基因突变、基因融合、拷贝数变异、非编码RNA、可变剪接等研究。
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产品简介
单细胞全转录组,是利用随机引物对RNA全长进行测序。 相比传统单细胞测序的oligo dT捕获技术(只能捕获3’或5’端),单细胞全转录组具有不受样本类型限制的优点,对细胞活性无要求,适用新鲜、冷冻、FFPE各类样本。 单细胞全转录组具有超高通量和高灵敏度的特点,细胞捕获数高、基因检出数均高于传统单细胞测序平台。 除检测基因表达丰度外,单细胞全转录组还能应用于基因突变、基因融合、拷贝数变异、非编码RNA、可变剪接等研究。
产品优势
优势1
超高通量、高灵敏度
每个样本检测的细胞数可达3000-10000,基因检测数大幅提高
优势2
单细胞分辨率全转录组测序
可检测出非编码RNA、可变剪切,实现基因结构研究
优势3
全样本全物种
FFPE样本、福尔马林固定样本、冻存/新鲜组织样本,以及真核原核均可做
技术流程
应用领域
案例分析
基于随机引物的高通量单细胞核测序技术snRandom-seq
  • 期刊:Nature Communications
    影响因子:16.6
    发表时间:2023.5
    技术手段:单细胞全转录组snRandom-seq
    样本来源:2例小鼠肾FFPE样本
    DOI:10.1038/s41467-023-38409-5
研究背景
目前主流的高通量单细胞(核)转录组平台主要依赖oligo(dT)捕获RNA分子poly(A)尾,不能捕获降解的RNA,因此局限于检测成熟mRNA、新鲜或新鲜冷冻的样本。研究人员一直尝试开发各种不同的方法来克服这些挑战。
实验设计
研究结果展示
与传统单细胞技术相比,snRandom-seq具有更低的双胞率,以及更高的基因检出数,且数据5’-3’覆盖度均一,在单细胞水平、单基因水平的覆盖度高于其他两种FFPE snRNA-seq方法。本文中,利用snRandom-seq方法,作者探究了小鼠以及人类临床肿瘤FFPE样本的细胞异质性,并可进行精细分群以及生物功能预测。由于snRandom-seq可捕获全转录本的全长信息,更适合进行RNA速率分析、非编码RNA分析等。
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