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微生物多样性测序及分析

采用Illumina PE300测序平台，满足多对引物的测序长度，并根据不同的测序要求提供不同的解决方案，提供高质量的数据。

全长多样性测序及分析

三代微生物多样性是基于 PacBio 测序平台，利用单分子实时测序（SMRT Cell）的方法对 marker 基因进行测序

16S微生物多样性绝对定量

通过向样品DNA中添加已知不同拷贝数混合的Spike-in DNA序列（Spike-in DNA是人工设计合成的设计的可变区与公共数据库中保存的核苷酸序列缺乏一致性，作为内标序列用于定量），共同进行 DNA，其 PCR扩增、扩增子文库构建和测序，再根据Spike-in DNA在扩增子测序中获得的序列数和其理论绝对拷贝数绘制标准曲线，实现对样本中的各微生物的绝对定量。

宏基因组测序及分析

宏基因组学（Metagenomics），也称元基因组学，利用新一代高通量测序技术（NGS）以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能特性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。

ONT三代宏基因组

ONT三代宏基因组是利用Nanopore测序技术（PromethION ），以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，通过生物信息分析获得环境中的基因功能信息和物种组成信息，分析微生物物种多样性和功能多样性，发掘潜在的生物学意义。与二代测序方法相比，基于超长读长的Nanopore测序的三代宏基因组研究可提高组装效果以及注释的准确度和分辨率，实现更准确的微生物物种分类以及更加全面的功能基因注释。

宏基因组binning/MAGs云分析

使用宏基因组拼接组装获得的contigs进行binning组装，并通过质量评估和筛选，获得高质量的bins

生物地球化学循环是地球系统科学的核心研究方向之一，对碳（C）、氮（N）、磷（P）、硫（S）及重金属等元素在地球圈层中的循环过程进行描述、示踪和预测是生物地球化学循环研究的重要内容。美吉生物宏基因组生物地球化学循环分析流程基于宏基因组高通量测序数据，根据KEGG功能注释结果中的碳、氮、磷和硫标记基因（KEGG Ontology，KO）信息，分析微生物群落在碳固定、产甲烷、甲烷氧化、氮循环、磷循环和硫循环过程中具备的遗传潜力。

宏基因组耐药基因分析

耐药基因，又称抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes, ARGs），在微生物中负责编码对于抗生素等药物的抗性功能，赋予微生物抗生素抗性；抗生素的过度使用和滥用导致了耐药基因和抗生素抗性在全球范围内的广泛传播，严重威胁人类健康；除了不断开发新型药物以应对抗生素抗性，从源头研究ARGs出现和传播的机制以及环境行为也有重要意义，将能帮助制定有效的管理和缓解性措施。宏基因组测序是目前研究耐药基因的一种强有力方法，它能够揭示样本中广泛的ARGs赋存特征，获取更完整的ARGs图谱，构

宏转录组

宏转录组学通过对生态环境中所有微生物的转录本进行高通量测序，从整体水平上研究某一特定环境、特定时期菌群群体全部基因转录情况以及转录调控规律，以揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的相互作用机理的组学技术；这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点，可以检测环境中的活性微生物，对活性转录本以及活性功能进行研究，还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径。

宏病毒组

宏病毒组（Metavirome）是某类样本中所有病毒（virus）或病毒类似物（virus-like-particle）及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组学（Metaviromic）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、病毒感染预警和控制的有力手段，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。

细菌基因组扫描图

利用二代测序技术，构建Illumina PE（400bp）文库，de novo组装获得基因组扫描图并进行生物信息分析

细菌基因组完成图

利用二代和三代测序技术，利用PacBio Sequel IIe/Nanopore平台和Illumina平台，de novo组装获得基因组完成图并进行生物信息分析

真菌基因组扫描图

利用二代测序技术，构建Illumina PE（400bp）文库，de novo组装获得基因组扫描图，初步获得基因组序列和功能注释信息

真菌基因组精细图

通过二代和三代测序技术，利用PacBio Sequel IIe/Nanopore平台和Illumina平台，进行de novo基因组组装，获得基因组精细图，并进行后续分析

原核链特异性转录组

利用二代测序技术，构链特异性文库，探究原核生物在某个时期或特定环境条件下转录出来的所有mRNA