产品简介
BSA（Bulked Segregant Analysis）：集群分离分析法，是指利用目标性状存在差异的两个亲本构建家系，在子代分离群体中，选取目标性状个体构建DNA混合池，结合高通量测序技术对混合DNA样本测序，根据基因型频率的差异筛选基因组上与目标性状相关联的位点，并对其进行功能注释，进而研究控制目标性状的基因及其分子机制。
产品类型
产品优势
优势1
应用场景更广阔
美吉针对不同材料类型（缺失1亲本；缺失两亲本；子代单混池等）的BSA基因定位分析分析有不同的分析策略和生信分析流程
优势2
交付内容更丰富
美吉的交付内容包含3种主流的SNP频率计算方法的结果，更全面更具体的定位候选区域，且美吉还交付定位区域内的引物设计结果便于客户后续位点验证
优势3
售前售后更周到
美吉拥有专业的售前咨询和细致的售后服务，可为客户的不同分析需求提供更专业的指导，响应速度快，质量佳，可为客户服务到文章发表
技术流程
测序流程
样品基因组DNA检测合格后，利用超声波将DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A、连接测序接头后，再利用磁珠吸附富集长度为350bp左右的片段，经过PCR扩增形成测序文库。建好的文库先进行文库质检，质检合格的文库通过Illumina平台进行上机测序，测序策略为Illumina PE150，总测序读长为300bp。
分析流程
在 Illumina测序数据下机之后，对下机数据进行质量控制，过滤其中低质量的数据，获得高质量的数据（Clean Data）。接下来根据GATK官方推荐的Best Practices流程进行变异检测。之后基于SNP和InDel变异位点进行BSA性状定位，后续对候选基因进行功能注释及富集分析
结果展示
应用领域
应用方向：对关注的目标表型定位候选基因，后续开发分子标记辅助育种，或进一步结合其他组学和分析，挖掘讲述遗传分子机制
样本要求
案例分析
合作案例一 SOYBEAN SEED SIZE 1的非同义突变的增强作用在大豆驯化和改良中得到利用
An enhancing effect attributed to a nonsynonymous mutation in SOYBEAN SEED SIZE 1,a SPINDLY-like gene,is exploited in Soybean domestication and improvement
期刊：New Phytologist
影响因子：10.323
发表时间：2022.09 技术手段：BSA基因定位
研究方向：大豆产量相关基因挖掘
文章链接：doi: 10.1111/nph.18461 研究背景
大豆 (Glycine max) 是从其野生近缘大豆Glycine soja驯化而来的，百粒重是决定大豆产量最重要的驯化性状之一，但人们对其遗传调控基础知之甚少。解析大豆百粒重调控基因及其分子机制，有助于大豆的驯化和改良过程。
技术路线
研究结果
作者使用BSA中的MutMap方法找到了导致种子重量变化的基因GmSSS1，该基因编码SPY同源物，并在控制种子重量和豆荚大小方面具有新的作用。此外该基因第182号位点的突变可以增强GmSSS1的作用，并与大豆的驯化和改良有关。
大豆百粒重相关sss1位点定位
常见问题
混池的规模多少比较合适呢？ 通常情况下，混池规模其实越大越好，混池规模是根据群体规模来确定的。美吉推荐老师取群体中最极端的5%-10%的个体（如混池规模至少大于30个样本，即对应的群体规模要大于300个个体才行）。 亲本和子代的测序深度推荐多少？ 通常情况下，测序数据量越大，定位的精度越高。综合考虑，美吉推荐老师亲本单独测序≥10×；子代混池测序平均测序深度≥1×（如50个样本混池，测序深度50x）；若基因组或样本量较大，可适当降低测序深度（如100个样本混池，测序深度50×也是没有问题的）。 BSA缺失亲本可不可以做？ 可以做。目前主流的BSA分析是2亲本+2混池的模式；但在材料收集过程中可能缺失了亲本或缺失一个子代混池，这种情况也是可以做BSA分析的。但必须有子代混池，1个子代混池时，必须有至少1个相反表型的亲本。
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