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产品简介

全转录组测序能够获得特定组织或细胞在特定状态下的转录本总和，包括mRNA和非编码RNA(ncRNA)。其中，目前研究比较热门的ncRNA包括miRNA、lncRNA和circRNA。以miRNA为中心，构建具有相互调控作用的MRE元件(MiRNA Response Element)，形成ceRNA(mRNA-miRNA-lncRNA-circRNA)调控网络，从而揭示样本中转录调控的生物学机制。

产品优势

技术优势一份样本，两个文库，四种RNA，全面解析转录调控机制。

技术流程

测序流程

去rRNA链特异性文库

分析流程

应用领域

样本要求

案例分析

案例一ncRNAs通过ceRNA介导的miRNA逃避参与CLDN4调控网络

英文题目：Non-coding RNAs participate in the regulatory network of CLDN4 via ceRNA mediated miRNA evasion
研究方向：胃癌
期刊：Nature Communications
IF：16.6
DOI：10.1038/s41467-017-00304-1
发表时间：2021.12
项目：全转录组测序

研究背景

癌细胞转移是胃癌（GC）患者死亡和复发的主要来源；迄今人们对其分子机制进行了诸多研究，但mRNA与ncRNAs之间的网络调控关系尚未完全阐明。本研究基于基因差异表达数据，筛选出基因CLDN4，并构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络，阐明了CLDN4增强胃癌细胞增殖和转移能力的转录调控机制。

技术路线

研究结果

其GC相关mRNAs经过聚类分析、靶基因预测、GO富集等，根据之前的研究结果，选定4条与癌症发展相关的经典途径“Cell adhesion”、“Pathway in cancer”、“Cell cycle” 及“Tight junction”；在四个途径的mRNA-ceRNA分析结果中，CLDN4与癌症的发展密切相关。本研究基于基因差异表达数据，筛选出基因CLDN4，并构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络，阐明了CLDN4增强胃癌细胞增殖和转移能力的转录调控机制。

参考文献

Song YX, Sun JX, Zhao JH, et al. Author Correction: Non-coding RNAs participate in the regulatory network of CLDN4 via ceRNA mediated miRNA evasion[J]. Nat Commun. 2021;12(1):3149.

案例二全转录组的分析和比较揭示了牦牛氧骨骼肌化和糖酵解之间的代谢差异

英文题目：Whole transcriptome analyses and comparison reveal the metabolic differences between oxidative and glycolytic skeletal muscles of yak
研究方向：耗牛肉质
期刊：Meat Science
IF：7.1
DOI：10.1016/j.meatsci.2022.108948
发表时间：2022.8
项目：全转录组测序

研究背景

哺乳动物骨骼肌由各种肌肉纤维组成，表现出不同的生理和代谢特征，同时肌纤维组成也可以影响着牲畜肉质。牦牛作为青藏高原的主要牲畜，具有重要的农业和经济价值。分析具有不同纤维组成的肌肉中差异表达的基因和ncRNA将为改善牦牛的肉质提供有用的见解。

技术路线

研究结果

本文全面分析了牦牛氧化型肌肉股二头肌（BF）和糖酵解型肌肉外斜腹肌（OEA）的全转录组谱。与糖酵解肌相比，氧化肌中共有1436个mRNA、1172个lncRNA和218个circRNA差异表达。KEGG注释表明，lncRNA和circRNA调控的靶基因主要参与PPAR信号通路、柠檬酸盐循环（TCA循环）和PI3K-Akt信号通路，反映了氧化肌和糖酵解肌之间不同的代谢特性。此外，本研究还构建了与肌肉纤维类型转化和肌肉线粒体能量代谢相关的调控网络。我们的研究为更好地了解牦牛骨骼肌纤维测定和肉质性状的分子机制提供了新的证据。

参考文献

Wu X, Zhou X, Chu M, et al. Whole transcriptome analyses and comparison reveal the metabolic differences between oxidative and glycolytic skeletal muscles of yak. Meat Sci. 2022;194:108948.

常见问题

什么是全转录组？: 全转录组即包含了ncRNAs和mRNA，对转录组中的ncRNA，目前的研究多集中在具有调控功能的small RNA（以microRNA为代表）、长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）和环状RNA（circular RNA，circRNA）上，而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。
为什么需要构建两种文库？: 两种文库分别为：smallRNA文库和去核糖体RNA（rRNA）的链特异性文库，其中smallRNA文库可以得到miRNA的信息，去除rRNA的链特异性文库可以得到mRNA、lncRNA和circRNA三者的信息。
全转录组分析内容主要包括哪些？: 主要包括功能注释与查询、ncRNA 鉴定与预测、表达量分析、表达量差异分析、ncRNA靶基因预测、基因集分析、序列结构分析等。