产品简介
宏基因组测序主要是基于Illumina/Nanopore等高通量测序平台，对环境样品中全部微小生物的基因组DNA进行Shotgun测序，用以解析微生物群体的物种和功能多样性及群落结构的变异，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因或物种等信息。
美吉生物提供三种不同的宏基因组云分析流程：宏基因组云分析流程、基于reads的宏基因组云分析流程和MAG云分析流程。
产品优势
项目经验丰富，累计三百万级别样本处理能力，实验成功率高
二代+三代测序分析服务，提供更精细的结构层面上的数据挖掘
基于ORF和Reads的云流程双交付模式，助力数据快速挖掘，加速科研成果转化
MAG云分析服务，从单菌基因组层面解析携带特定功能的微生物基因组
耐药基因和碳氮磷硫专属分析流程，聚焦热点研究领域，解开科研疑团
美吉生物一站式微生物全组学无忧解决方案全交付，年服务SCI文章数量超500篇
技术流程
宏基因组云分析流程
基于组装的宏基因组云分析流程，以组装得到的Contigs预测的ORFs为分析出发点，可以全面解析微生物群落和功能组成、结构变异，以及与生态环境之间的关系等；由于基于ORF进行后续分析，不仅能够获得物种与功能之间的对应关系等信息，而且能够发现新基因，研究新基因的功能等。
基于reads的宏基因组云分析流程
基于reads的宏基因组云分析流程，使用质控的clean reads直接与已知物种和功能数据库进行比对，基于已有数据库，得到每个样本的物种、功能注释信息和相对丰度变化等，分析速度快。
部分结果展示
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应用领域
样本要求
案例分析
土壤生物多样性促进城市绿地多种生态系统功能的发挥
- 案例1：土壤生物多样性促进城市绿地多种生态系统功能的发挥
期刊：Nature Ecology and Evolution
IF： 16.8
作者单位：中国科学院南京土壤研究所
发表时间：2022
DOI：10.1038/s41559-022-01935-4
生物多样性对生态系统多功能性的贡献已在自然生态系统中得到广泛证实，但在人为扰动频繁的城市绿地生态系统中，地上-地下生物多样性与生态系统多功能性之间的关系却尚未可知。本研究对分布于六个大洲17个国家56个城市的绿地进行了标准化调查，研究地上植物多样性和地下土壤生物多样性，以及基于宏基因组学的菌群功能特性多样性与18种生态系统功能之间的关系。这项研究工作为保护城市绿地生态系统功能和生物多样性提供重要参考，对全球变化背景下和城市化进程中维持城市环境的可持续发展和人类福祉至关重要。
粪便菌群移植治疗系统性红斑狼疮的安全性和有效性：一项EXPLORER试验
- 案例2：粪便菌群移植治疗系统性红斑狼疮的安全性和有效性：一项EXPLORER试验
期刊：Journal of Autoimmunity
IF： 12.8
作者单位：中南大学湘雅二医院
发表时间：2022
DOI：10.1016/j.jaut.2022.102844
系统性红斑狼疮（SLE）是一种典型的自身免疫性疾病，其临床表现多种多样，主要影响年轻女性。SLE免疫失调的标志是致病性自身抗体和促炎细胞因子的异常产生，导致炎症介导的多器官破坏。目前，SLE的治疗方案包括皮质类固醇、抗疟药物和免疫抑制剂，这些药物并非普遍有效，并会产生严重的不良反应。因此，迫切需要安全有效的SLE新疗法。肠道微生物群失调与SLE的发展有关。粪便微生物群移植（FMT）治疗SLE患者的安全性和有效性尚未得到探索。在这项为期12周的单臂先导性临床试验中，我们旨在评估FMT在SLE患者中的安全性和有效性。
