全长转录组测序及分析

全长转录组不同于常规转录组，其基于PacBio或Nanopore三代测序平台，无需打断拼接，可以直接获取包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息，可以准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。在更复杂的基因转录异构体层面研究基因表达调控，分析可变剪接等事件。

全长转录组能够检测癌细胞中异常剪接异构体的结构。这些亚型有时候被翻译，被人类白细胞抗原（HLA）分子呈现，并被识别为新抗原。该研究使用（MinION）构建了一个非小细胞肺癌中异常剪接的目录，通过该目录可以识别新亚型和潜在的新抗原。

对22个NSCLC细胞系进行了全长转录组测序，从每个细胞系中平均产生了350万条reads，平均reads长度为1.6kb，获得的全长cDNA片段通过Minimap2与人类基因组进行了比对。所有的剪接位点都通过二代转录组测序确认。将获得的可变剪接进一步与参考序列数据库(RefSeq)当前的转录本模型进行比较。在映射到RefSeq转录本的reads中，超过50%的reads成功覆盖了多达8000个基因的全长转录本。对于每个基因，MinION的reads(RPM)与二代转录本reads(TPM)具有很强的相关性。

Oka M, Xu L, Suzuki T, et al Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer[J]. Genome Biol. 2021;22(1):9.

罂粟是一种重要的药用植物，因为其基因组存在70.9%的重复和存在全基因组复制事件，使其很难生成准确且全面的注释，为克服这一问题，作者利用三代全长转录组改善罂粟基因组注释并确定全基因组的可变剪接事件。

本文利用三代转录组并结合二代转录组对罂粟基因组进行了完善，共鉴定出了410699个全长转录本，纠正了1007个基因的错误注释，识别了10473个未注释的基因，同时也发现了目前基因组注释存在对GC含量和外显子数量的偏好性，导致一些基因的注释缺失。还鉴定出了474169个新剪接连接，也进一步发现了组织和发育特异的AS模式。此外，在子叶生长后，RI部位的剪接率也有所下降。发育相关途径也在RI位点的基因中更为丰富，表明罂粟幼苗发育过程中的转录后机制。

Yang MJ, Song H, Shi P, et al.A global survey of the transcriptome of the opium poppy (Papaver somniferum) based on single-molecule long-read isoform sequencing. The Plant Journal, (2022), 110, 607–620. Published 2022 Jan 29.