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微生物单细胞

微生物单细胞转录组(MscRNA-seq),利用随机引物原理,获得细菌RNA序列,可以从单个细胞的水平对单菌、微生物组进行基因表达信息的检测,解决传统研究中单个细胞与细菌之间的差异有可能被群体的平均值所掩盖的问题。
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产品简介
微生物单细胞转录组,是利用随机引物对细菌RNA序列进行测序。 微生物单细胞转录组对细胞活性无要求,固定后的样本均可实现。 微生物单细胞转录组具有超高通量和高灵敏度的特点,表现为细胞捕获数高、基因检出数高等优势。 适用于临床耐药、微生物时序、微生物与宿主互作、微生物群落功能精准定位分析等应用研究场景。
产品优势
优势1
超高通量
每个样本检测的细菌数可达3000-10000
优势2
应用新
揭示传统组学所掩盖的细菌异质性
优势3
转化高
新一代单细胞组学技术,成果更易发高分文章
优势4
更前沿
提供CNS级分析内容,深度挖掘数据
优势5
更可靠
提供从样本处理到数据分析的全流程服务。
技术流程
案例分析
基于液滴微流控的高通量单微生物RNA测序方法——smRandom-seq
  • 期刊:Nature Communications
    影响因子:16.6
    发表时间:2023.5
    技术手段:微生物单细胞转录组smRandom-seq
    样本来源:大肠杆菌等多种临床致病菌
    DOI:10.1038/s41467-023-40137-9
研究背景
目前主流高通量单细胞转录组平台依赖oligo(dT)捕获RNA分子poly(A)尾,但原核生物由于缺乏poly(A)尾而无法适用该方法。另外,细菌中的mRNA含量远低于真核细胞,难以去除的细菌细胞壁也成为单个细菌水平转录组技术的发展阻碍。研究人员一直尝试开发各种不同的方法来克服这些挑战。
实验设计
研究结果展示
smRandom-seq具有低双胞率、高mRNA占比等优秀性能特性。 对抗生素胁迫下的大肠杆菌进行smRandom-seq检测后,UMAP图中可以明显区分不同时间点的亚群。基因表达异质性分析得到每个亚群的差异表达基因,进一步分析发现SOS、ROS与能量代谢相关基因的表达变化,揭示了抗生素胁迫下不同表达模式的大肠杆菌亚群,包括耐药菌亚群。
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