案例分析
基于液滴微流控的高通量单微生物RNA测序方法——smRandom-seq
- 期刊：Nature Communications
影响因子：16.6
发表时间：2023.5
技术手段：微生物单细胞转录组smRandom-seq
样本来源：大肠杆菌等多种临床致病菌
DOI：10.1038/s41467-023-40137-9
研究背景
目前主流高通量单细胞转录组平台依赖oligo(dT)捕获RNA分子poly(A)尾，但原核生物由于缺乏poly(A)尾而无法适用该方法。另外，细菌中的mRNA含量远低于真核细胞，难以去除的细菌细胞壁也成为单个细菌水平转录组技术的发展阻碍。研究人员一直尝试开发各种不同的方法来克服这些挑战。
实验设计
研究结果展示
smRandom-seq具有低双胞率、高mRNA占比等优秀性能特性。
对抗生素胁迫下的大肠杆菌进行smRandom-seq检测后，UMAP图中可以明显区分不同时间点的亚群。基因表达异质性分析得到每个亚群的差异表达基因，进一步分析发现SOS、ROS与能量代谢相关基因的表达变化，揭示了抗生素胁迫下不同表达模式的大肠杆菌亚群，包括耐药菌亚群。
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