ONT三代宏基因组

ONT三代宏基因组是利用Nanopore测序技术（PromethION ），以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，通过生物信息分析获得环境中的基因功能信息和物种组成信息，分析微生物物种多样性和功能多样性，发掘潜在的生物学意义。与二代测序方法相比，基于超长读长的Nanopore测序的三代宏基因组研究可提高组装效果以及注释的准确度和分辨率，实现更准确的微生物物种分类以及更加丰富的功能基因注释。在解析可移动元件，分析物种间的基因转移潜力与传播途径方面更具优势。

三代下机数据联合二代测序数据，进行多轮矫正，获取较高准确的数据，进行后续一系列的分析。

▶日趋严重的抗生素抗性问题使得研究者们将目光转移到可能是新的抗生素来源的未培养细菌上。扩增子测序与短读测序分析表明宏基因组中存在多样化的生物合成基因簇（BGC）；本文通过长读长测序从南极土壤中发现千余个BGCs，证明了未被研究过的谱系中的生物合成潜力。

▶饮食干预是减肥疗法的基石。在肥胖患者中，一种生物失调的肠道微生物群（GM）的特点是高水平的拟杆菌谱系和低多样性。在一项高蛋白低热量饮食中添加或不添加活微生物（LMP）的减肥研究中，检测了受试者的肠道微生物组成变化。共采集了163名受试者粪便（基线和体重减轻10%状态下），通过三代宏基因组检测分析，结果显示：在基线时，Bact2肠型在严重肥胖和代谢改变的受试者中更普遍。体重减轻后，基线时肠道微生物多样性较低的受试者的多样性增加，Bact2患病率下降，特别是在添加了LMP中。体重减轻后，Akkermansia muciniphila和Parabacteroides distasonis显著增加，Eubacterium rectale、Streptococcus thermophilus和 Bifidobacterial lineages显著减少。结论：基线微生物组组成与体重减轻后肠道微生物多样性和Bact2肠型流行率的差异变化相关。通过检测这些特征可以推动未来的个性化营养努力，朝着更有利的微生物组组成发展。