circRNA测序及分析

CircRNA （circular RNA）是5’端和3’端共价结合形成闭合环状的非编码RNA（ncRNA），其广泛存在于动植物中，且具有物种保守性和组织特异性。circRNA测序是通过高通量测序技术及生物信息学方法，在整体水平上解释样品中circRNA及miRNA全面信息的研究方法。circRNA独特的环状结构，使得其不易被RNase降解，因此在胞内有较强的稳定性，从而能够长效的在动植物个体中行使转录调控者的职能。

肝内胆管癌（ICC）是第二常见的原发性肝脏恶性肿瘤，其生存预后较差。目前越来越多的证据表明，circRNA可能在几种人类癌症的进展中起重要的调节作用，但circRNA在肝内胆管癌（ICC）中的作用和机制在很大程度上是未知的。因此，本文着重研究了CircHMGCS1–016在ICC发展和免疫耐受中发挥的作用

研究人员通过circRNA测序，分析了ICC和邻近肿瘤组织之间的差异性circRNA谱，鉴定了76种差异表达的circRNA，包括37个上调和39个下调。随机选择了五个circRNA进行了qRT-PCR验证。结果中发现了circHMGCS1–016的表达升高，其源自HMGCS1基因（位于染色体5p12的一个癌症易感区域）。随后又在40名患者的ICC和成对的肿瘤邻近组织中，通过qRT-PCR进一步验证了circHMGCS1–016的表达。总之，结果揭示了ICC与circHMGCS1–016的上调之间的正相关。

Xu YP , Dong ZN, Wang SW, et al circHMGCS1-016 reshapes immune environment by sponging miR-1236-3p to regulate CD73 and GAL-8 expression in intrahepatic cholangiocarcinoma[J]. J Exp Clin Cancer Res. 2021;40(1):290.

先天免疫和适应性免疫共同构脊椎动物在抵抗外来和内部病原体方面发挥着重要作用。circRNA作为多种生物过程中的重要调节因子，在哺乳动物研究中相对丰富，而在低等脊椎动物方面的研究仍然缺乏。

本研究发现了一种circRNA，circPlce1，与鮸鱼的先天免疫反应相关。实验结果证实circPlce1在ploy（I：C）和LPS的刺激下可促进抗病毒基因和炎症反应的产生。荧光素酶报告基因测定实验还证实circPlce1可以促进NF-κB和IRF3通路。此外，circPlce1可以促进细胞增殖并提高细胞活力。综上所述，circPlce1在调节炎症反应、细胞增殖和细胞活力方面具有积极作用，为circRNA在硬骨鱼的先天免疫应答中的功能研究提供了理论基础。

Lv X, Luo Q, Xin S, Zheng W, Xu T, Sun Y. Circular RNA circPlce1 regulates innate immune response in miiuy croaker, Miichthys miiuy. Fish Shellfish Immunol. 2023;133:108561.