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产品简介空间转录组（Spatial transcriptomics，ST）：Visium空间转录组是一种组织内全转录组基因表达的原位检测技术，在检测基因表达水平的同时，获得基因在组织内部空间表达的位置信息。相比传统转录组或单细胞转录组，空间转录组保留了组织内细胞和基因表达的空间分布信息，将基因表达与H&E染色的结果叠加在一起，不需要对组织进行消化，保持组织内部的空间结构，从而实现对组织内部不同区域细胞表达异质性的研究。目前新鲜样本（FF）和石蜡样本（FFPE）均有对应的空间转录组测序解决方案。
产品优势- 优势1
- 经验丰富
- 50余种组织类型包埋、切片成功经验；
- 优势2
- 一流平台
- Leica石蜡/冰冻组织切片机、Pannoramic MIDI数字切片扫描仪、Illumina测序仪等；
- 优势3
- 数据挖掘无忧
- 标准分析+个性化分析，多角度解析样本表达图谱；
- 优势4
- 适用性广
- 兼容多种样本类型（人、大/小鼠的多种器官）；
技术流程实验流程
分析流程
应用领域
样本要求
案例分析阿尔茨海默病的空间转录学和原位测序研究
- 英文题目：Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
研究方向：神经退行性疾病发展
期刊：Cell
IF：64.5
DOI：10.1016/j.cell.2020.06.038
发表时间：2020.07
项目：10x Visium空间转录组
研究背景
阿尔茨海默病是发生于老年和老年前期的神经系统疾病，主要表现为记忆障碍、失语、失用、失认、视空间能力损害、抽象思维和计算能力损害、人格和行为改变等。目前阿尔茨海默病研究的一个中心问题是淀粉样斑块与神经退行性过程的关系，尽管在阿尔茨海默氏病（AD）的淀粉样斑块周围观察到复杂的炎症样变化，但对其特征的分子变化和细胞相互作用知之甚少。
实验设计
研究结果展示
本研究对AD病程中的淀粉样蛋白沉积对周围细胞的影响进行了高分辨率的解析，这些结果清楚地表明，淀粉样蛋白沉积并非简单的“发病结果”，而是会引起一系列基因变化，这可能会参与到神经退行性疾病的发病进程之中。同时强调了淀粉样蛋白沉积在AD病程中的重要性，而非只是简单的疾病产物，对人们进一步研究该疾病的病因和病程，提供了依据。
参考文献
Chen Wei-Ting,Lu Ashley,Craessaerts Katleen et al Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease.[J] .Cell, 2020, 182: 976-991.e19.
常见问题
- 如何避免新鲜组织制备过程中 mRNA 降解？
- 实验室条件下严格保证新鲜样本在离体 30 min 内进行直接包埋处理，组织裸露时间越长，降解风险越大。
- 石蜡样本有保存年限要求么？
- 建议是取3年以内，最好是1年以内，一般来说，保存时间越短的石蜡样本，DV200质检通过率越高
- 样本比较珍贵，只有1年内的白片能不能做空间转录组？
- 可以的，目前CytAssist该平台可以兼容白片或H&E染色切片，可以实现样本寄送，无需安排上门实验。
