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产品简介

微生物多样性测序（又称扩增子测序），是指利用二代/三代测序平台，对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段的 PCR 产物进行高通量测序，突破传统方法不可培养微生物的缺点，获得土壤、水体等环境，以及人体、动物等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与宿主的相关性等信息。
三代微生物多样性是基于 PacBio 测序平台，利用单分子实时测序（SMRT Cell）的方法对 marker 基因全长序列进行测序，之后通过对 CCS（Circular Consensus Sequencing）序列过滤，得到 Optimization-CCS 进行聚类（OTU）或去噪（ASV），并进行物种注释及丰度分析，可以揭示样品的物种构成；进一步进行α多样性分析（Alpha Diversity）、β多样性分析（Beta Diversity）和显著物种差异分析等等，可以挖掘样品之间的差异。

产品优势

优势1: 测序区域更全; 全长区域测序，序列信息覆盖全，轻松覆盖所有可变区；

优势2: 测序质量更好; 升级为HiFi测序模式，单一Reads准确性至少可达99%；

优势3: 分辨率高; 能达到“种”水平物种鉴定，获得更精细微生物群落结构；

技术流程

云分析示例

Alpha多样性指数组间差异检验箱线图

应用领域

解决的科学问题

解析微生物群落结构、预测微生物群落表型，环境中可用以分析“什么是丰富的菌群和优质的土壤”，医学中用以解释“什么是正常的菌群和健康的肠道”。探索微生物与环境、微生物与人体的互作共存关系。

样本要求

案例分析

案例1樟芝安特罗丁A对急性酒精摄入小鼠肠道菌群和肝脏代谢组的调节作用

英文标题：Antrodin A from Antrodia camphorata modulates the gut microbiome and liver metabolome in mice exposed to acute alcohol intake
期刊：Food & Function
影响因子：6.1
发表时间：2021
项目：微生物16S全长多样性+非靶代谢
疾病类型：急性酒精性肝损伤
合作单位：上海理工大学
DOI：10.1039/d0fo03345f

主要结果：① 在急性酒精性肝损伤小鼠中，AdA通过调节微生物组和代谢组反应，改善酒精暴露诱导的肝脂沉积 (TC和TG)、氧化应激 (MDA)、炎症 (TNF-a、IL-1β、IL-6、IL-17和IFN-y) 和肝损伤；② AdA恢复了肠道菌群组成，增加了乳杆菌和Dubosiella的相对丰度，减少了 Clostridium_sensu_stricto_1、Lachnospiraceae_NK4A136_group、Prevotellaceae_NK3B31_group 和 Prevotellaceae_UCG-001 的相对丰度；③ AdA还能很好地调节酒精诱导的代谢紊乱，包括谷胱甘肽代谢、抗坏血酸和醛化酸代谢、牛磺酸和次牛磺酸代谢。综上所述，樟芝菌丝中的AdA是一种治疗摄入酒精引起的肠道菌群和代谢紊乱的有益活性成分。

案例2三重转基因大豆结合根际微生物群落组装中的草甘膦驱动模式

英文标题：Triple-transgenic soybean in conjunction with glyphosate drive patterns in the rhizosphere microbial community assembly
期刊：Environmental Pollution
影响因子：8.9
发表时间：2023
项目：微生物16S全长多样性+ITS真菌多样性
合作单位：南京大学
DOI：10.1016/j.envpol.2023.122337

植物根系不断影响根际，根际也是具有理想功能的微生物的募集场所。转基因（GE）作物品种的开发提供了无与伦比的产量优势。然而，目前对转基因作物对根际微生物组影响的深入研究还不够。本研究使用了抗虫、抗草甘膦和抗旱的三重转基因大豆栽培品种（JD606）及其对照 ZP661 和经草甘膦处理的 JD606（JD606G）。通过 16S 和 ITS rDNA 测序，确定了它们对根际菌层、周围土壤和大块土壤中细菌和真菌群落的分类和功能的影响。
主要结果：① 三重转基因大豆和草甘膦塑造了根际细菌群落；② 土壤隔室生态位对细菌和真菌群落组装有实质性影响；③ 根际效应导致有益细菌和真菌类群的富集；④ LEfSe和网络分析揭示了根际驱动的微生物募集；⑤ 真菌网络的密度相对较低，但比细菌网络更稳健。