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遗传图谱

  • 月销售:10000+订单
  • 样品数量
产品简介
遗传图谱(Genetic Linkage Map):是分子标记根据相互间重组关系在染色体上的线性排列。遗传距离是通过基因或DNA片段在染色体交换过程中交换的频率来计算的,用厘摩(cM)表示。利用遗传图谱可以对多个表型性状变异进行遗传分析和基因定位;同时对于基因组组装尚未达到染色体水平的物种,遗传图谱是辅助基因组组装的有利工具。
产品优势
优势一
高密度高质量
全基因组重测序可一次性快速开发大量分子标记,构建高密度高质量遗传图谱
优势二
多种评估方式
美吉基于图谱构建有多种评估的方式,来确保图谱的高质量
优势三
科学的方案设计
从样本采集、建库测序、数据分析,都有科学缜密的方案,确保结果高质量
技术流程
测序流程
样品基因组DNA检测合格后,利用超声波将DNA序列片段化形成随机片段,对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A、连接测序接头后,再利用磁珠吸附富集长度为350bp左右的片段,经过PCR扩增形成测序文库。建好的文库先进行文库质检,质检合格的文库通过Illumina平台进行上机测序,测序策略为Illumina PE150,总测序读长为300bp。
分析流程
在Illumina测序数据(Raw Data)下机之后,对下机数据进行质量控制,过滤其中低质量的数据,获得高质量的数据(Clean Data)。接下来根据GATK官方推荐的Best Practices流程进行变异检测。之后基于获得的SNP 分子标记进一步进行图谱构建及QTL 定位分析。
结果展示
应用领域
应用方向:对关注的目标表型定位候选基因,后续开发分子标记辅助育种,或进一步结合其他组学和分析,挖掘讲述遗传分子机制
样本要求
案例分析
  • 期刊:Journal of Experimental Botany
    影响因子:6.9
    发表时间:2023.04
    技术手段:遗传图谱
    研究方向:小麦抗病基因挖掘
    文章链接:doi:10.1093/jxb/erad085
研究结果
由叶锈菌引起的小麦叶锈病严重威胁全球小麦生产安全,但仅有少数抗病基因已被报道和克隆。作者首先构建获得了一张高质量的遗传图谱,之后基于三年抗病表型数据进行了QTL定位,鉴定获得了四个新的小麦成株期抗叶锈病QTL位点,并进一步对候选抗病基因的功能进行了探究。
叶锈病抗性相关位点定位
常见问题
遗传图谱适用于什么研究?群体类型如何选择?
适用于家系群体,多个复杂性状的基因定位研究;常使用的家系群体类型为F2代、重组自交系(RILs),对于自交不亲和或者近交衰退的物种,如梨、枣等果树亲本杂合,且群体构建周期较长的物种,可以选择F1代群体研究。
样本个数和测序深度选择多少合适?
需要父母亲本2个,以及≥200个子代个体,子代个数最少不建议少于100个;测序深度建议≥10x,F1代不建议降低测序深度,F2代或者RILs等可以根据本物种基因组大小以及课题预算等适当降低测序,一般至少需要达到5x,最低不能少于2x。
遗传图谱需要记录表型数据吗?
需要的,做遗传图谱进行性状定位,需要客户准确记录每一个子代个体的表型数据值,该表型数据值是与自己需要进行定位的性状密切相关,可多年连续记录。
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