产品简介
遗传图谱（Genetic Linkage Map）：是分子标记根据相互间重组关系在染色体上的线性排列。遗传距离是通过基因或DNA片段在染色体交换过程中交换的频率来计算的，用厘摩（cM）表示。利用遗传图谱可以对多个表型性状变异进行遗传分析和基因定位；同时对于基因组组装尚未达到染色体水平的物种，遗传图谱是辅助基因组组装的有利工具。
产品优势
- 优势一
- 高密度高质量
- 全基因组重测序可一次性快速开发大量分子标记，构建高密度高质量遗传图谱
- 优势二
- 多种评估方式
- 美吉基于图谱构建有多种评估的方式，来确保图谱的高质量
- 优势三
- 科学的方案设计
- 从样本采集、建库测序、数据分析，都有科学缜密的方案，确保结果高质量
技术流程
测序流程
样品基因组DNA检测合格后，利用超声波将DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A、连接测序接头后，再利用磁珠吸附富集长度为350bp左右的片段，经过PCR扩增形成测序文库。建好的文库先进行文库质检，质检合格的文库通过Illumina平台进行上机测序，测序策略为Illumina PE150，总测序读长为300bp。
分析流程
在Illumina测序数据（Raw Data）下机之后，对下机数据进行质量控制，过滤其中低质量的数据，获得高质量的数据（Clean Data）。接下来根据GATK官方推荐的Best Practices流程进行变异检测。之后基于获得的SNP 分子标记进一步进行图谱构建及QTL 定位分析。
结果展示
应用领域
应用方向：对关注的目标表型定位候选基因，后续开发分子标记辅助育种，或进一步结合其他组学和分析，挖掘讲述遗传分子机制
样本要求
案例分析
- 期刊：Journal of Experimental Botany
影响因子：6.9
发表时间：2023.04
技术手段：遗传图谱
研究方向：小麦抗病基因挖掘
文章链接：doi:10.1093/jxb/erad085
研究结果
由叶锈菌引起的小麦叶锈病严重威胁全球小麦生产安全，但仅有少数抗病基因已被报道和克隆。作者首先构建获得了一张高质量的遗传图谱，之后基于三年抗病表型数据进行了QTL定位，鉴定获得了四个新的小麦成株期抗叶锈病QTL位点，并进一步对候选抗病基因的功能进行了探究。
叶锈病抗性相关位点定位
常见问题
- 遗传图谱适用于什么研究？群体类型如何选择？
- 适用于家系群体，多个复杂性状的基因定位研究；常使用的家系群体类型为F2代、重组自交系（RILs），对于自交不亲和或者近交衰退的物种，如梨、枣等果树亲本杂合，且群体构建周期较长的物种，可以选择F1代群体研究。
- 样本个数和测序深度选择多少合适？
- 需要父母亲本2个，以及≥200个子代个体，子代个数最少不建议少于100个；测序深度建议≥10x，F1代不建议降低测序深度，F2代或者RILs等可以根据本物种基因组大小以及课题预算等适当降低测序，一般至少需要达到5x，最低不能少于2x。
- 遗传图谱需要记录表型数据吗？
- 需要的，做遗传图谱进行性状定位，需要客户准确记录每一个子代个体的表型数据值，该表型数据值是与自己需要进行定位的性状密切相关，可多年连续记录。
