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单细胞ATAC

单细胞ATAC,是指通过对某种特定状态下开放的核染色质的基因序列,揭示单个细胞中基因转录活跃的区域;提供不同的调控元件信息,比如转录因子、启动子、增强子等,探索调控元件协调基因表达的模式。
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产品简介
单细胞ATAC(scATAC,Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区测序):在单个细胞水平上测量染色质的开放性,从而揭示细胞之间的异质性以及基因调控网络的动态变化。 通过对单个细胞中基因座(转录开合区域、启动子、增强子等)的开放性状态研究,有助于揭示细胞类型、亚群、细胞分化过程以及细胞在不同环境中的反应。 这项技术在研究转录因子结合、染色质状态以及基因调控网络中的动态变化方面具有重要意义。
产品优势
优势1
超高通量
每个样本检测的细胞核数可达3000-10000
优势2
方便快捷
10分钟内可完成上万细胞核的捕获
优势3
灵敏度高
细胞核捕获率超过65%
技术流程
技术流程
分析流程
样本要求
案例分析
单细胞染色质可及性景观识别人体调节性T细胞中的组织修复程序
  • IF=43.474
    发表时间:2021.03
    技术手段:scATAC-seq&bulk RNA-seq
    研究方向:细胞发育分化
    DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.007
研究背景
调节性 T (Treg) 细胞发挥各种关键功能。特别是,它们抑制自身反应和过度炎症,从而促进免疫调节,它们还可以促进组织损伤后的组织稳态和再生。尽管小鼠组织修复Treg细胞已经得到很好的证实,并且在单细胞水平上描述了它们的发育,但对人类修复Treg程序知之甚少。
实验设计
研究结果展示
通过10x Genomics单细胞ATAC-seq检测了小鼠和人类组织中的CD4+T细胞,并定义了一个共享的组织修复Treg特征。利用这一特征和TCR追踪识别了外周血中人类BATF+CCR8+组织样Treg细胞,并揭示了组织中这一群体的T-follicular helper(Tfh)样分化程序。在幼稚的Treg细胞中诱导Tfh程序可以促进组织表型,包括修复功能。将健康组织中的CCR8+Treg细胞与从肿瘤组织中分离出来的CCR8+Treg细胞进行比较,发现了许多相似之处。
常见问题
生物学重复要不要设置?
图谱类文章可以不做生物学重复(1个样本也可以);临床样本(人)最起码3个生物学重复;模式生物(小鼠、大鼠)尽量做生物学重复。若样本量不足,同一处理也可以混样测序。
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