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产品简介医学/真核有参转录组测序（RNA-seq）是针对有参考基因组的物种，通过二代测序平台，快速全面获得动植物特定细胞或组织的转录本及基因表达信息，可进行基因表达水平、基因功能、可变剪切、SNP以及新转录本发现等方面的研究。转录组测序能够从整体水平研究基因表达差异及功能通路变化，揭示特定生物学过程的分子机制，为动植物生长发育、表型性状、逆境胁迫和抗病机制等的重要研究手段。
产品优势- 优势1
- 双研究层面
- 既提供常规基因层次研究结果，同时分析转录本层次带来的影响
- 优势2
- 全面差异分析
- 既提供基因表达差异分析，同时深层解析可变剪切事件等结构差异情况
- 优势3
- 强大功能查询
- 直接检索已报道的基因或者通路，六大数据库全方位注释基因信息
- 优势4
- 特色基因集
- 灵活创建基因集合，深度挖掘表达/功能变化，迅速锁定研究目标
技术流程测序流程
医学分析流程
农学分析流程
应用领域
样本要求
案例分析人类ClpP异常激活扰乱线粒体蛋白质组稳态抑制胰腺导管腺癌
- 英文题目：Aberrant human ClpP activation disturbs mitochondrial proteome homeostasis to suppress pancreatic ductal adenocarcinoma 研究方向：胰腺癌 DOI： 10.1016/j.chembiol.2022.07.002 期刊：Cell chemical biology IF：8.6 发表时间：2022.9 项目：医学有参转录组测序 美吉合作单位：上海药物研究所、中国科学院大学杭州高等研究院化学生物学研究中心
研究背景
线粒体酪蛋白分解蛋白酶P（ClpP）对于维持线粒体蛋白质组稳态和确定细胞应激下的细胞命运至关重要。然而，ClpP调节对实体瘤的影响尚未得到充分研究。胰腺导管腺癌（PDAC）是一种死亡率很高的致命疾病，因此在本文中，研究人员针对ClpP活化在抗PDAC治疗中的作用进行了研究。
技术路线
主要结论
为了研究异常的ClpP激活如何影响PDAC细胞中的转录谱，研究人员分别在ZG111处理和Y118AClpP过表达的BxPC-3细胞以及对照细胞中进行了RNA-seq分析。对两组差异表达基因的独立分析发现，ZG111处理的细胞中有5158个显著差异基因，Y118AClpP过表达的BxPC-3细胞中有2748个显著差异基因，其中有964个差异表达基因在两组中共同表达。KEGG通路富集分析显示MAPK通路在异常ClpP激活时的BxPC-3细胞中显著富集。此外，GO通路富集分析发现MAPK通路在ClpP激活后显著上调。结果表明，异常的ClpP激活具有转录效应，可能通过PDAC细胞中的MAPK信号传导。
参考文献
Wang P , Zhang T, Wang X, et al Aberrant human ClpP activation disturbs mitochondrial proteome homeostasis to suppress pancreatic ductal adenocarcinoma[J]. Cell Chem Biol. 2022;29(9):1396-1408.e8.
丛枝菌根促进芦苇镉吸收的机制取决于磷浓度
- 英文题目：The mechanism of arbuscular mycorrhizal enhancing cadmium uptake in Phragmites australis depends on the phosphorus concentration 研究方向：植物镉污染 期刊：Journal of Hazardous Materials IF：13.6 作者单位：哈尔滨工业大学 DOI：10.1016/j.jhazmat.2022.129800 发表时间：2022.10 项目：真核有参转录组测序
研究背景
镉（Cd）作为流动性最强的重金属之一，可以对植物造成氧化损伤，并通过食物链积累，并危害人类健康。丛枝菌根真菌（AMF）是植物的镉污染修复的重要策略。AMF的功能受到磷（P）浓度的影响，而磷浓度对AMF对寄主植物Cd积累的影响以及AMF与P的相互作用的研究较少。
技术路线
主要结论
本文分析比较了AMF在不同磷浓度下对芦苇响应、提取和转运过程的调控作用，并探讨了其生理、生化和分子生物学机制。AMF可以通过诱导不同的生长分配策略来应对Cd胁迫，AMF可以通过增强P吸收、Cd钝化、Cd的细胞壁固定和官能团调节等方式来实现对Cd耐受。在P饥饿处理下，AMF可以通过诱导Cd进入铁通路，提高转运系数，促进Cd的吸收，并将Cd积累在茎中。此外，AMF上调ZIP，ZIP和NRAMP基因的表达，分别在低，中和高磷水平下促进镉的摄取。
参考文献
You Y, Ju C, Wang L, et al. The mechanism of arbuscular mycorrhizal enhancing cadmium uptake in Phragmites australis depends on the phosphorus concentration. J Hazard Mater. 2022;440:129800.
常见问题
- 差异基因数目多少比较合理？数目过多或者过少如何调整参数？
- 不同的实验处理，不同的研究目标，差异基因的数目是不同的，从几十个到几千个都有可能。但是如果差异基因数目是个位数或者上万，需要调整参数进行重运行。该部分默认使用Padjust作为筛选差异基因的阈值，如果获得的差异基因数目太少，可以通过改用Pvalue或者降低|log2FC|阈值的方法来增加差异基因数目。此外，不同的差异软件鉴定的差异基因个数也会有所区别，也可根据情况选择不同的软件重新运行分析。
- 差异基因筛选条件最大能设的阈值是多少?适当降低阈值标准可以吗?
- 一般来说，等级较高的文章阈值的设置会比较严格；而在某些文章中，差异基因筛选阈值会适当放宽：如在一些无生物学重复的文章中，只将Padjust作为差异基因筛选标准，不考虑log2foldchange；有的文章则将Pvalue作为差异基因的筛选标准，有生物学意义并能通过实验验证即可。
- 差异基因功能注释分析和富集分析的区别是什么？
- 功能注释分析是将差异表达基因通过序列比对到数据库上进行功能注释；而富集分析首先需要将差异基因进行功能分类，同时使用R软件中的phyper函数进行富集分析，P值越小越显著富集，一般认为Padjust<0.05的term为显著富集；可以认为在功能分析（注释）的基础上再做了类似统计学计算显著性的过程。
