产品简介
宏基因组组装基因组（Metagenome assembled genomes,MAGs）：在宏基因组学分析中，根据核酸组成和丰度信息识别微生物的特征，将来自不同个体的序列（contigs）分离开来的过程即为binning。简单来说，就是把宏基因组数据中来自同一菌株的序列聚到一起，得到一个菌株的基因组。Binning分析使我们得以洞察这些无法在实验室培养获得的菌株的生态适应机制、营养互作机制和新陈代谢功能等，可以研究在环境中起重要作用的微生物、进化机制、及其与宿主的互作机制等。
案例分析
案例1 通过宏基因组组装的基因组剖析人类微生物组在 COVID-19 中的作用
英文题目：Dissecting the role of the human microbiome in COVID-19 via metagenome-assembled genomes
期刊：Nature communications IF:16.6 发表时间：2022.09
技术手段：宏基因组+binning
研究方向：疾病早期诊断 DOI：10.1038/s41467-022-32991-w 研究背景
基于16S测序无法提供捕获足够的序列变异以区分密切相关的分类群所需的分类分辨率。本研究应用宏基因组组装和分箱策略，直接从 COVID-19 患者和对照组的微生物组样本中重建微生物群体基因组，主要目标是构建与 COVID-19 相关的宏基因组参考基因集，以确定可能与 SARS-COV-2 感染的临床表现相关的新分类群和菌株水平差异。
实验设计
主要结果
①使用宏基因组组装及分箱策略，从六个独立队列中的 514 个 COVID-19 相关鼻咽和粪便样本中重建宏基因组组装基因组 （MAGs）。共重建了11584个中高质量微生物MAGs，获得了5403个具有菌株水平分辨率的非冗余MAG（nrMAGs）；
②研究发现COVID-19患者肠道微生物组中许多物种的菌株丰富度显著降低。肠道微生物组特征可以准确地将COVID-19病例与健康对照区分开来，并预测COVID-19的进展；
③此外，确定了一组在COVID-19临床表现中具有假定因果作用的nrMAGs，并揭示了它们可能与SARS-CoV-2感染相互作用的功能途径；
④最后，基于验证队列研究，证实该研究的主要发现可以在三个独立的队列中得到很大程度的验证。
案例2 世界大河中抗生素耐药组的超级载体
英文题目：Supercarriers of antibiotic resistome in a world's large river
期刊：Microbiome IF： 15.5
合作单位：北京大学 发表时间：2022
DOI: 10.1186/s40168-022-01294-z 由于全世界各地广泛使用抗生素从而加速了抗生素耐药基因（ARGs）及其宿主的传播。携带单个/多个ARGs的耐药微生物（ARMs）可通过接触或进入食物链感染人类，并可能引发严重感染和高死亡率的公共卫生风险。过去，人们重点关注的是ARGs与人类肠道微生物之间的相关关系，而近年来，研究内容已经逐渐向人为生态系统或者复杂的自然生态系统，例如污水处理厂、水库、河流等。在一些研究中，根据各种环境因素和人类活动，已经确定了某些河流ARGs和宿主。尽管如此，目前对河流系统中ARGs与核心微生物群之间关系的理解还不够深入。
产品简介
产品优势
技术流程
应用领域
样本要求
案例分析
