DIA蛋白质组学

DIA(Data Independent Acquisition)蛋白质组学是非标记蛋白质组学的方法,其原理是在质谱数据采集时，高速、循环的将每个采集窗口内的所有母离子及其子离子碎裂后进行全扫描，而非根据母离子信号强度筛选后进行二级碎片再扫描。因此DIA具有高通量、高分辨率、高可重现性、定量准确等优点，而且样本无需分级上机，极大的缩短了每个样品的检测时间，适合大样本量的蛋白质组研究。但是由于一个窗口内的众多母离子肽段会同时碎裂，因此碎片离子和母离子的对应关系就很难精准确认，所以在进行DIA数据分析之前可以建立一个真实的谱图库，或采用Direct DIA（direct Data-independent acquisition），利用机器深度学习实现直接通过搜索DIA原始文件谱图生成库。常见DIA的同义词有SWATH-MS（Sequential Windowed Acquisition of All Theoretical Fragment Ion ），HRM（Hyper Reaction Monitoring）等，主要区别在于质谱平台，分别是由不同厂家注册的商标。

与传统的shot-gun技术相比，DIA采集模式数据采集具有以下优点：

越来越多的冠状病毒病（COVID-19）患者在适当的干预下逐渐康复。越来越多的数据主要研究恢复期COVID-19患者的临床特征，其分子变化尤其是蛋白质组的变化对了解恢复期COVID-19患者的生物学特征也起着与临床特征相同的重要作用。本研究中，作者从19例健康的血浆样本和67例恢复COVID-19患者（没有基础疾病），然后分析和比较蛋白质组属性，研究无症状，中度，和严重和关键COVID-19患者出院3个月，这有助于进一步了解恢复COVID-19患者的生物状态。

使用DIA蛋白质组学分析，共鉴定出394个蛋白。将获得的蛋白表达量与临床疾病严重程度相关联后，其中174个蛋白聚为8个显著的离散亚簇，以说明蛋白质组学数据的相对表达变化。然后，对这31个DEPs进行了KEGG通路和GO项富集分析。此外，随着疾病的进展，亚群3的调节作用减少，对62个DEPs的功能富集和通路分析表明，这些蛋白与免疫效应过程（GO）和补体和凝血级联（KEGG）通路相关。