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相关性分析是通过计算两种因子之间的相关性(Spearman、Pearson相关系数等),将获得的数值矩阵通过Heatmap图直观展示。通过颜色变化反映二维矩阵或表格中的数据信息,颜色深浅表示数据值的大小,它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。
UpSet韦恩图和常见的韦恩图不太一样,主要是利用连线的形式结合柱形图,来展示不同分组形式的共有和特有元素信息,结果清晰易理解,对于分组较多的情况特别适用。
预测给定基因序列中的ORF位置和序列
PLS-DA是一种有监督的判别分析方法,常用来处理分类和判别问题。R中的ropls包主要应用于代谢组学的数据分析,基于特征分解的降维方法,用于区分样本差异或在海量数据中挖掘潜在标志物。
获得基因/转录本的Read Counts数后,采用DEGseq,可对多样本(≥2)项目进行样本间基因/转录本的差异表达分析,鉴定出样本间差异表达基因/转录本。
引物,是一小段单链DNA,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。该小工具利用PrimerPremier软件对目的基因序列进行引物设计。