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常规测序及其他服务 微生物鉴定服务 16SrDNA鉴定

16SrDNA鉴定 生信分析 技术参数 常见问题 留言咨询

        通过DNA测序对微生物进行物种鉴定(菌种鉴定)是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点,对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速,准确。

        美吉凭借多年的微生物检测经验可为您提供快速、高效、权威的微生物检测服务,包括细菌16srDNA鉴定、真菌18srDNA鉴定/真菌ITS鉴定和26S rDNA D1/ D2区鉴定。

        16S rDNA是编码原核生物核糖体小亚基rRNA(16S rRNA)的DNA序列,长度约为1540bp,存在于所有细菌染色体基因组中。16S rDNA分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用、最有用的“分子钟”。

        18S rDNA序列中既有保守区又有可变区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守,因此在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。

        内转录间隔区ITS由于不需要加入成熟核糖体,因此在进化过程中能够承受更多的变异,其进化速率为18S rDNA的10倍,属于中度保守的区域, 其保守性基本上表现为种内相对一致,种间差异比较明显。这种特点使ITS适合于真菌物种的分子鉴定以及属内物种间或种内差异较明显的菌群间的系统发育关系分析。利用它可研究种及种以下的分类阶元。

        26S的D1/D2区域具有较高的变异率,可以用于亲缘关系较近的菌株之间的分类研究。目前这一区域序列在酵母菌分类方面的应用是所有分子学方法中应用最多的,利用它可研究种及种以下的分类阶元。


美吉优势

1、鉴定成功率达98%以上

2、实验过程无菌操作,可避免外源污染,保证实验结果的真实有效。






       1.若提供平板、甘油菌或穿刺菌,请注明培养条件,菌种培养需特殊培养基的请提供培养基;请确保您提供的平板或斜面上的单菌落经过至少三次的分离纯化。因实验样品不纯造成的测序套峰,我们将收取全额的实验费用。
       2.若提供基因组DNA样品,请确保其浓度≥10ng/μl,总体积≥50μl,样品定量检测结果将以我们为准。
       3.若提供的菌株为革兰氏阳性菌,建议您提供基因组DNA。
       4.若提供的为培养后的菌液,请确保包装的密封性和菌液的浓度,使最终离心后菌体质量不低于0.5g。
       5.我们不接受具有致病性的样品。如果您的菌株带有致病性,请提供该菌株的基因组DNA,并对其进行处理以灭活致病菌。


(1)菌种鉴定的方法和步骤是什么?

答:以细菌鉴定为例,一般只要提取基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA片段,上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌。


(2)微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗?

答:如果您的菌株是自然界中分离得到,就只能鉴定到种,不能鉴定到株,除非您知道您的细菌本来就是从某一株细菌扩增出来的。


(3)PCR扩增直接测序为什么会出现套峰的现象

答:a、测序结果个别碱基出现N,是由细菌rDNA多态性造成,对菌种鉴定没有影响;

b、所有测序反应均出现大面积套峰,是由您提供的样品模版不纯造成的。这种情况需要重新纯化菌种。


(4)PCR产物克隆测序为什么会出现结果分离的现象?

答:我们以菌种为模版直接进行PCR扩增,然后对PCR产物进行克隆测序,如果出现2种或以上的测序结果,说明您提供的模版不单一,即菌种不纯,含有其他杂菌,这种情况建议您将菌种重新进行三次以上纯化。


(5)菌种鉴定可以鉴定到种吗?

答:利用rRNA的保守区域进行鉴定只是菌种鉴定的一个分子生物学指标,通过鉴定结果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪个种属比较接近。如需鉴定至种,还需要结合DNA杂交、基因组GC含量、生理生化指标等来综合判断。


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