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蛋白质组学和代谢组学 定量蛋白质组学 iTRAQ/TMT

iTRAQ/TMT 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

         同重同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitationiTRAQ)技术由AB SCIEX2004年研发推出,是目前差异蛋白质定量分析方法通量最高,系统误差最小,功能最强大的分析方法之一。iTRAQ试剂用于标记酶解后的肽段。在质谱图中,任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一肽段表现为相同的质荷比。在串联质谱中,报告基团、质量平衡基团和多肽反应基团之间的键发生断裂,质量平衡基团丢失,带不同同位素标签的同一多肽产生不同的报告离子,根据报告离子的信号强度值可获得样品间相同肽段的定量信息,再经过软件处理得到蛋白质的定量信息。 目前iTRAQ可同时比较多达8组样品的蛋白质表达差异。而由Thermo Fisher 推出的同款原理相同的产品TMT(Tandem Mass Tag最多可同时标记分析10个样品


iTRAQ试剂结构


iTRAQ实验原理图

实验流程



技术平台

    Triple TOF 5600, Q-Exactive, Orbitrap Fusion™ Tribrid™

技术优势

     体外标记技术,适用于各种生物材料;

     灵敏度高,检测限低,可检测出低丰度蛋白;   

     分离能力强,分析范围广,iTRAQ可以对任何类型的蛋白质进行分离鉴定,包括高分子量蛋白质、酸性蛋白

     和碱性蛋白。  

     高通量:同时对8个样本进行分析,提高了实验通量,可同时对多个时间点或不同处理的蛋白质进行分析;  

     结果可靠:定性与定量分析结果更加可靠;   

     自动化程度高:液相与质谱连用,自动化操作,分析速度快,分离效果好。

应用领域

      机理和调控机制研究

      动态过程中机制研究

      疾病标志物的筛选

      用药及预后标志物筛选

 



生信分析

  






送样要求

样品类型

样品要求(/组样品)

备注

蛋白质溶液

蛋白质总量≥300µg

重复实验则量翻倍,建议准备两份样品备用。

组织样品

样品总量≥0.1g

按照蛋白质组织提取效率(蛋白:组织=7%

细胞样品

细胞数量≥107

胰酶消化,按细胞冻存标准离心收集细胞即可。

体液样品

血清≥200µL,脑脊液≥200µL,尿液≥1mL ,泪液≥1mL.

 


案例:精神错乱患者的患者的脑脊液中的蛋白质表达含量变化

          利用iTRAQ蛋白质组学相对定量方法,探讨精神错乱的发病机制通过iTRAQ方法分析17类精神错乱患者的脑脊液中的蛋白质表达含量变化,一共鉴定并定量到了270个脑脊液中蛋白质:16个在大多数精神错乱患者中异常表达;一部分蛋白质与认知程度和精神错乱严重程度相关;这些结果为后期精神错乱的机制研究及诊断提供了参考。


参考文献:

        Poljak, A., et al. (2014) Quantitative proteomics of delirium cerebrospinal fluid. Translational psychiatry 4, e477.

1、iTRAQ定量蛋白质组实验完成后,能拿到什么结果,是否可以直接用来发文章?

      我们目前的iTRAQ定量蛋白质组的实验流程和结果都是受到业内顶级杂志JPR和MCP认可的,可以直接用于文章的发表。客户不仅可以拿到iTRAQ定量蛋白质组中的差异蛋白、蛋白的GO和KEGG归类信息、COG归类、不同样本的差异蛋白的聚类分析、差异蛋白的互作蛋白信息等,还可以提供客户指定的分析内容,提供个性化的服务要求,比如转录组和蛋白质组的关联分析。


2、iTRAQ技术有什么优势?有什么缺陷?
        该技术的优势:多达8标记、系统误差小、直接对二级谱定量、定量蛋白数量更多、标记效率高等。

        该技术的缺陷:应该说这是唯一的缺陷,就是定量不是当前定量技术最准确的,最准确的是SWATH和MRM技术。定量不准确的原因是附近m/z同位素的干扰,这些m/z接近的同位素引入了干扰的4标记或8标记的同位素,最终导致原本差异10倍,而干扰会将10倍变成5倍左右。当然,差异蛋白的趋势是正确的,大量发表的研究论文也证实了这一点。


3、目前贵公司iTRAQ技术采用什么型号的质谱仪?数据分析使用什么软件?
       目前是我们使用的仪器包括AB Sciex公司的Triple TOF 5600,分析软件为配套的proteinpilot;Thermo Fisher 的Q-Exactive, Orbitrap Fusion™ Tribrid™,分析软件为ProteomeDiscoverer。


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