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基因表达调控 表观/调控 RIP-Seq

RIP-Seq 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

       RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA。RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。


美吉优势

       拥有Illumina HiSeq 2500、HiSeq 4000和MiSeq等多种高通量测序平台。

       技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

       拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

送样要求

1) RIP捕获的RNA>300ng,浓度>30ng/μL,体积>10μL,OD260/280为1.8-2.0,OD260/230为1.5-1.8;

2) 样品避免反复冻融,送样时使用足量的干冰运输;

 

利用RIP-seq技术在全基因组水平分析RNA结合蛋白Wig-1的靶RNA


       本研究对正常与过表达Wig-1的两株细胞系(HCT116和Saos-2 cells)进行RIP-seq,以期找到Wig-1的靶RNA。结果表明,在HCT116和Saos-2细胞中分别获得了2335个和354个靶RNA,其中两者共有的靶RNA为286。但Wig-1-RNA复合物分布在所有表达的基因范围内(图1),说明Wig-1与靶RNA的结合与靶mRNA的表达水平没有相关性。此外,研究表明Wig-1与其靶mRNAs的结合是由位于转录本3′UTR区的ARE (AU富集元件) motifs调控的(图2)。

 

图1: RIP-Seq富集分析在两细胞系中发现了286个共有的Wig-1靶mRNAs

 

 

图2 Wig-1靶mRNA的3′UTR区域中的AU富集元件(AREs)


参考文献

Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis [J].Oncotarget. (2016) 7(2):1895-911.


1.RIP-seq和ChIP-seq区别?

       RIP-seq和ChIP-seq的主要区别在于前期实验,RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同,如,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等。


2.RIP前期实验需要注意事项?

       ① 选择适合做RIP的抗体

       ② 避免RNA蛋白质结合被破坏、避免RNA结合蛋白的降解

       ③ 防止RNA与蛋白非特异性结合
       ④ 抑制内源RNase的活性、避免外源RNase污染


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