美吉生物

基因表达调控 非编码RNA miRNA测序

miRNA测序 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

       Small RNA是一大类调控分子,几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多种多样的作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生。

        MicroRNA (miRNA)是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因,几个miRNA也可以靶向同一个基因。这种复杂的调节网络通过一个miRNA来调控多个基因的表达,也可以通过几个miRNA来精细调控某个基因的表达。


技术路线

       利用高通量测序平台,对富集到的18-32nt的小RNA片段进行测序,对获得的有效数据进行序列长度分布统计,将筛选后的高质量序列分类注释,获得样品中包含的各组分及表达量信息,并对所有小RNA片段进行注释,对miRNA进行靶基因预测等分析。

 

美吉优势

       丰富的经验,成熟的实验流程,可靠的数据保障;

       多种测序平台,灵活应用,优势互补;

       前沿的个性化生信分析;

       强大的运算能力。









送样要求:总RNA≥3μg,浓度≥250ng/μl,OD260/280=1.8-2.2,OD260/230≥2.0;

建库:胶回收small RNA文库目标区域条带

测序策略:Illumina SE50bp测序

测序数据量:10M reads/样本



案例一

       基于前期研究,已有报道揭示了MSC可作为催化剂促进癌症进展、侵袭和转移,然而其具体的分子机制并未阐明。这篇文章通过一套完整的研究流程、阐明了肿瘤间充质干细胞(MSC)诱发的miRNA调节网络,并证实了转录因子FOXP2在乳腺癌转移中的关键角色。

       研究者发现所检测到的miR-199a-3p可促使肿瘤干细胞的标记物乙醛脱氢酶(ALDHA1)的表达水平显著提高,并增强肿瘤的发生能力。

 

图 miR-199a和miR-214的表达导致肿瘤干细胞的增殖和转移

 

参考文献

Benjamin G Cuiffo, Antoine Cam-pagne, et al. MSC-Regulated MicroRNAs Converge on the Transcription Factor FOXP2 and Promote Breast Cancer Metastasis.Cell Stem Cell, 2014, 15: 762-774.

 

案例二

       作者观察到脂肪来源干细胞(ASCs)分泌的微囊泡能够增强人脐带血内皮细胞的迁移和血管形成。RNA分析表明,内皮细胞培养基预处理的ASCs分泌的微囊泡中miR-31含量上升。进一步的研究显示微囊泡中的miR-31能够促进内皮细胞的迁移和血管形成。

图ASCs细胞分泌的微囊泡中的miR-31能够促进内皮细胞的迁移和血管形成

 

参考文献

Ting Kang, Tia M. Jones,et al. Adipose-Derived Stem Cells Induce Angiogenesis via Microvesicle Transport of miRNA-31.Stem Cells Trans Med. 2016, 5: 4 440-450.



(1)small RNA分析需不需要参考基因组?

       需要,因为新miRNA的预测必须要通过其前体形成的二级结构进行分析,没有参考基因组,则无法知道其前体可能的二级结构。或者,退而求其次的办法,至少需要提供相应的参考转录组信息,以转录本作为参考序列用于small RNA的分析。


(2)如何验证miRNA的表达量?

       设计miRNA专门的发夹状反转录引物,定量PCR验证其表达量。


(3)所有的物种small RNA都主要分布在20-24个碱基吗?

       不是,这取决于物种和样品特性,有些样品就会在30nt左右表现出高丰度。



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