非标记定量技术(Label free) 是近年来重要的质谱定量方法，用来比较的样品无需昂贵的稳定同位素标签做标记，提取的蛋白直接酶解后经过质谱分析产生数据。通过软件对大规模的谱图进行归一化后，比较对应的质谱峰的强度，峰面积等一系列因素，来确定蛋白质在几组样本中的相对表达量变化。
适用范围：
1. 环境样本（土壤、污泥、海水）、肠道内容物、粪便等组间蛋白种类差异较大的样本；
2. 研究者关注点在于不同样本间的蛋白种类的差异情况；
3. 一些水平极低的翻译后修饰类型的定量分析。
技术优势：
1. 无需使用昂贵的同位素标记试剂，实验耗费低；
2. 对样本的操作少，减少损失，最接近原始状态；
3. 不受样本条件的限制；
4. 对实验操作稳定性、重复性要求高，要求至少做三次技术重复及生物学重复。
实验流程
生信分析
送样要求
样品类型
样品要求（/组样品）
备注
蛋白质溶液
蛋白质总量≥300µg
重复实验则量翻倍，建议准备两份样品备用。
组织样品
样品总量≥0.1g
按照蛋白质组织提取效率（蛋白：组织=7%）
细胞样品
细胞数量≥107个
胰酶消化，按细胞冻存标准离心收集细胞即可。
体液样品
血清≥200µL，脑脊液≥200µL，尿液≥1mL ，泪液≥1mL.
案例分析：通过蛋白质组学发现早期肝癌的治疗靶点
Nature, IF=51.577
结果解读：
参考文献：
Jiang Y, Sun A, Zhao Y et al., Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Nature. 2019;567(7747):257-261. doi: 10.1038/s41586-019-0987-8
