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基因表达调控 非编码RNA miRNA测序

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     Small RNA是一大类调控分子,几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多种多样的作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生。 

Small RNA测序正是对这一类重要的调控小RNA—特别是microRNAmiRNA展开分析,利用高通量测序平台,对样本中富集到的18-32 nt的小RNA片段进行测序,对获得的有效数据进行序列长度分布统计,将筛选后的高质量序列分类注释,获得样品中包含的各组分及表达量信息,实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能注释等多项分析,满足客户对包含miRNAsiRNApiRNA等多种small RNA类型的分析研究需求。


适用范围


医口方向:疾病发生调控机制研究、寻找生物标记、靶向药物研究等;

农口方向:动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等。


美吉优势


(1)物种适应度广,送样起始量低

(2)miRNA鉴定及靶基因预测精准全面

(3)高级分析实用性强,直击科研热点

(4)经验丰富,实验流程成熟,数据可靠


实验流程

       

生信分析流程


技术参数


样本要求

动物:≥1 g

植物:≥2 g

真菌:菌丝或者菌体称重(每管200 mg),≥3

外泌体沉淀>15 μL/管,4

血浆:250 μL/管,3

血清:250 μL/管,3

全血:≥ 2 mL

细胞: 5×106 cells

RNA要求

small RNA建库:≥2 μg200 ng/μL;微量建库RNA总量低至10 ng

外泌体small RNA建库:>2 ng0.2 ng/μL,体积>5 μL

建库测序

SMART技术建库,Illumina SE75测序

数据量

10M raw reads

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论坛

案例一:miRNAs南国梨冷藏后贮藏期间香气减弱中的重要作用


南国梨采后普遍采用冷藏延缓衰老。然而,这种技术也会导致水果香气减弱。microRNAs是转录后水平上基因表达的调节因子,在植物发育和诱导对非生物环境胁迫的反应中起着重要作用。本研究利用small RNA测序分析获得了果实在冷藏第一天以及在室温和冷藏后贮藏期间的最佳品尝期的miRNA转录产物。研究结果表明,miRNAs可能在南国梨冷藏过程中起着关键性的减香作用,为进一步研究miRNAs在果实低温减香中的分子机制提供了有价值的信息。

研究思路:

 

分析结果:

 

 

1 差异表达的miRNA和目的基因LOX2SLOX1_5HPLADH1的网络图(红色是靶基因,绿色是miRNAs


 

2a, b, c, d 利用RT-PCR技术分析南果梨差异表达miRNAs及其预测的靶基因;e 低温对miRNAs和酯香气的网络作用

 

案例二:与热应激相关的蛋鸡血浆miRNAmRNA表达谱联合分析


高温是困扰全球畜牧业的最常见的环境压力源之一。人们对miRNAs在蛋鸡热应激反应中的调节作用知之甚少。为了系统地鉴定产蛋鸡热应激反应的miRNAs及其靶标,比较了热应激和常温条件下差异表达的miRNAsmRNAs。研究结果为miRNAs对蛋鸡热应激诱导损伤的调节机制提供科学指导。


研究思路:

 

 

分析结果:

 

热应激诱导的差异表达miRNA热图(红色代表上调,蓝色代表下调;H:热应激条件下的蛋鸡,C:常温下的蛋鸡)


 

差异表达基因的功能分析a GOb KEGG


 

3 a 整合miRNAmRNA数据以识别与热应激相关的重叠基因的Venn图;b qRT-PCR方法对热应激鸡和正常产蛋鸡血浆中5个差异表达的miRNA进行分析;通过qRT-PCR分析从热应激鸡和正常产蛋鸡血浆中选择的miRNA的潜在靶标

 

参考文献:

[1] Zhu L H, Liao R R, Wu N, et al. Integrating miRNA and mRNA expression profiles in plasma of laying hens associated with heat stress[J]. Molecular Biology Reports, 2019, 10.1007/s11033-019-04724-8.

[2] Shi F, Zhou X, Yao M M, et al. miRNAs play important roles in aroma weakening during the shelf life of ‘Nanguo’ pear after cold storage[J]. Food research international, 2019, 116: 942-952.

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