无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析。在此基础上，也可以进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等，用于发现功能基因，为下一步研究提供方向。
适用范围
医学领域：人体疾病经过不同用药后产生的效果；患病和健康人体的致病机制；
动物领域：动物疾病经过不同用药后产生的效果，患病和健康动物的致病机制；
农业领域：植物响应非生物和生物胁迫，植物不同性状的分子机制。
美吉优势
双研究层面：既提供常规基因层次研究结果，同时分析转录本层次带来的影响
全面差异分析：既提供基因表达差异分析，同时深层解析可变剪切事件差异情况
强大功能查询：直接检索已报道的基因或者通路，全方位注释基因信息，实现快速分析
特色基因集：灵活创建基因集合，深度挖掘表达/功能变化，迅速锁定研究目标
实验流程
生信分析
技术参数
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样本要求 |
动物：≥ 1g 植物：≥ 2g 真菌：菌丝或者菌体称重（每管200mg），≥3管 全血：≥ 2mL 细胞：≥ 5×106cells |
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RNA要求 |
≥ 2μg，50ng/μL |
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建库测序 |
Illumina PE150测序 |
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数据量 |
6G clean data |
案例一：二月兰OvPAP2异位表达提高红花油菜的产量
黄色油菜是一种重要的油料作物和传统旅游资源，而呈现紫色花瓣的油菜可能具有具有一个或多个候选基因来改变油菜花的颜色；本研究基于前期建立的一对花瓣儿呈微红色的甘蓝型油菜，对不同花色的油菜和二月兰进行从头测序，并结合代谢组测序表明特定的花青素在红色花瓣中大量积累，不同花色油菜的从头测序为农作物病虫害防治中的实际应用提供了参考。
研究思路
分析结果
图 （1）超表达OvPAP2甘蓝型油菜F1代表型（2）超表达OvPAP2和G1300甘蓝型油菜交叉传粉F1代表型（3）10个花青素合成基因在不同甘蓝型油菜花瓣或花药中的表达（4）甘蓝型油菜花瓣的主成分分析和潜在结构判别的正交投影分析
案例二：蝗虫转录组从头拼接和功能鉴定
蝗虫是一种重要的农业害虫，主要以禾本科植物为食，对多种农作物造成经济损失。本研究对雌性蝗虫的幼虫和成虫进行从头测序，将拼接获得的转录本进行GO,COG和KEGG注释分析，通过同源比对鉴定出一些与杀虫剂抗性相关的基因；蝗虫全面的从头组装测序为更好地研究杀虫剂抗性、RNAi和转录组分子标记提供一系列有价值的分子资源。
实验设计
实验结果
图（1）幼虫和成虫间基因表达比较（2）蝗虫基因直系同源簇功能分类（3）GO注释分析
参考文献：
[1] FU, Wenqin, et al. Production of red‐flowered oilseed rape via the ectopic expression of O rychophragmus violaceus OvPAP2. Plant biotechnology journal, 2018, 16.2: 367-380.
[2] QIU, Zhongying, et al. De novo assembly and characterization of the transcriptome of grasshopper Shirakiacris shirakii. International journal of molecular sciences, 2016, 17.7: 1110.
